Emasagra colabora con la Universidad de Granada y el Consejo Superior de Investigaciones Cientificas en diversos proyectos de I+D+I y sus actuaciones han sido incluidas dentro del Programa Nacional de Fomento de la Investigación Técnica (Profit).

• Colaboración en la búsqueda de soluciones técnicas al problema de la contaminación por nitratos de las aguas subterráneas.
• Hemos abierto una línea de investigación sobre la optimización del proceso de compostaje de fangos.
• Estudiamos la minimización de lodos y mejoras para su aplicación a la agricultura.